1680లో శివాజీ అకస్మాత్తుగా మరణించారు. తీవ్రమైన జ్వరం, విరేచనాలు, శరీరం బలహీనంగా మారడం వంటి లక్షణాలు కనిపించాయని చారిత్రకకారులు చెబుతూ ఉంటారు. ఇలాంటి వ్యాధులు అప్పట్లో ప్రాణాంతకంగా మారేవి. ఎందుకంటే వైద్య సదుపాయాలు చాలా తక్కువగా ఉండే కాలం అది. అందువల్ల ఎక్కువ మంది చారిత్రకారులు శివాజీది సహజ మరణమేనని భావించారు.
అయితే కొందరు మాత్రం శివాజీని రెండో భార్య సోయిరా బాయి విషం పెట్టి చంపిందనే ప్రచారం ఉంది. అయితే ఈ వాదనకు ఎలాంటి ఆధారాలు లభించలేదు. రాజ శాసనాలు, విదేశీ ప్రయాణికుల రచనల్లో కూడా ఈ ఆరోపణ ఎక్కడా నిర్ధారణ జరగలేదు. కేవలం నోటి మాటల ద్వారానే ఇంతవరకు ఆ కథ ప్రచారంలోకి వచ్చింది. దీనికి కారణం కూడా శివాజీ మరణానంతరం జరిగిన రాజకీయ పరిణామాలుగా చెప్పుకుంటారు.
శివాజీకి పెద్ద కొడుకు శంభాజీ ఉన్నాడు. అయితే సోయిరాబాయి తనకు పుట్టిన కొడుకు రాజారామ్ నే రాజుగా చేయాలని ప్రయత్నించినట్టు చారిత్రక ఆధారాలు ఉన్నాయి. ఈ వారసత్వ పోరాటమే అంతర్గత కలహాలకు కారణమయ్యింది. అదే సోయరా బాయి శివాజీని చంపిందని అనుమానాలు పెరగడానికి కూడా కారణమయ్యాయి. ఇదే తప్ప ఛత్రపతి శివాజీది ఆరోగ్యపరమైన కారణాల వల్ల సంభవించిన మరణమే... కానీ రెండో భార్య హత్య చేశారన్నది విషయంలో ఎలాంటి నిజం లేదు.